Linuxオペレーティングシステムでは，無償で利用できるCentOSがある
（Red Hat Enterprise Linuxのクローン版）。 Firewallが新しい方式のため，
systemctlなどのコマンドに慣れることが必要である (現在はCentOS 8で，
CentOS 7とほぼ同じ）。多くのホームページでCentOSの情報を集められる。
Linuxを使うことで，多くの物理，化学，生物系 などの高速アプリケーション
の可能性が広がる。 Fortranでは，1年間無料で使用できるPGI Community
Edition，またはライセンスを購入して永久使用できるPGI Fortranがある。
現在，バージョンは19.10である。 他のソフトウェアとして，MPI技法のMPICH３，
および高速性の高いFFTW3をインストールできる。 これらはPGIの新システム
に対応して，PGIシステムで走らせるためpgfortran を使う（下記のMPICH-3.2
の項目を参照）
注釈：PGIライセンスがイーサネットのeno1ではなく eth0のもとで動作したが，
現在は無償版のCommunity Editionが出され， この問題はPGI社が解決した。
Pythonのバージョン3はプレ/ポストプロセス用として導入する 。基本的には
権限を持っているrootに変わり，アップデートである # yum install tk-devel，
などを行う。それが済んだ後に，Python-3.6...tgzのファイルを解凍して，
インストールする。（注意点は，configureの後で, makeがプログラム不明で中途
で停止する（実際は使わない）。最後の3行をコピー した上で，もう一度，makeを
中途から実行，さらに，# make install で完了する。）
次節のコマンドyumを使うと，PCでインストール法を判断して自動的に進む。
現在の状況を確かめると，バージョン名が画面に表示される
# yum --version python
まず，Python 3.6をインストールするときは
# yum install -y python36
その結果，バージョン3.6が画面に表示される
つぎに，Python3.7をインストールするときは，GITを先に入れる。
Python 3.7のインストール
GITの後にPython3をインストールする。すると画面に新しい3.7.5が
表示される：
# pyenv install 3.7.5
# python3 --version
3.7.5
>> Geniceをインストールする
水の分子動力学では，Geniceがよいプラットフォームである。
いくつかのものが必要であり，それぞれのホームページを参照して，
ダウンロードとインストールを行う。
Requirements
1. networkx>=2
2. countrings>=0.1.7
3. pairlist>=0.2.3
4. yaplotlib>=0.1
5. numpy
たとえば，numpyがないときは，ホームページからダウンロードしてから，
# pip install numpy
Successfully installed numpy-1.19.1
Geniceのインストールでは，
# pip install --upgrade genice
Requirement already up-to-date: pip in /root/.pyenv/versions/3.7.5/lib/python3.7/site-packages (20.2.2)
geniceにより，様々の水（アイス）やメタンハイドレートなどを生成できる。
Ref. https://pypi.org/project/GenIce/, M.Matsumoto (Okayama Univ.)
[注意].
探すキーワードは，find / -name "genice" で検索できる.。それが見つかると，
/root/.pyenv/version/3.7.5/bin/genice などが表示される。
pyenvを使うと，旧バージョンは/usr/local/pythonにあり，新バージョンは
/root/.pyenv/versions/3.7.5 に置かれる。,必要なバージョンを指し示して
/root./.pyenv/versions/3.7.5/bin/genice ... で実行する。
>> MPICH-3.2で並列化利用
PGI Fortranは，pgfortran (pgf95)で並列処理の計算ができる。
３つのステップを行い，インストールする （15分くらいかかる）。
1. env CC=pgcc FC=pgfortran F77=pgfortran CXX=pgcpp CFLAGS=-fast FCFLAGS=-fast FFLAGS=-fast CXXFLAGS=-fast ./configure --prefix=/opt/pgi/mpich-3.2 --disable-cxx
2. make
3. # make install
最後に，# make clean で環境をクリーンにして終了する。
>> FFTW3
1. env CC=pgcc CFLAGS="-fast -Minfo -fPIC" F77=pgfortran FFLAGS="-fast -Minfo" MPICC=mpicc ./configure --enable-threads --enable-sse2 --enable-openmp --enable-shared --enable-mpi --prefix=/opt/pgi/fftw3
2. make
3. # make install
# make clean で終了する。
最近のFFTW３ではコードが大きくなり，これも15分程度を要する。
