　The author's achievements of molecular dynamics simulations are released
in my repositories Mtanaka77 under GPL-3.0 license. The major diffetences
are the explicit (first, second) and implicit (third) solutions of the codes.
They are bound to the speed of light, or is not bound so that large-scale
particle simulation is possible for solar physics environment.
　Fortran 2003/2008 and MPI languages are utilized, and information of
the simulation codes are written in README.md, the beginning of each
Fortran code, and PDF documents. As the codes, AlmaLinux and Debian
OS's are compared, where the latter is favorable.
　Demonstration of the simulation codes for applications are shown in
Mtanaka77's repositories below.

https://github.com/Mtanaka77/
＊Relativistic_Molecular_Dynamics_Simulation
＊Macro-Particle_Simulation_for_Magnetic_Reconnection
＊Molecular_Dynamics_of_Water_and_Ice_by_TIP5P_Code
＊SIESTA_4.1_on_Vector_and_Parallel_Clusters
＊AlmaLinux_v.s._Debian_OS's

日本語で説明

　各種の分子動力学法を開発することで，研究を行っています。具体的に
例を挙げると，

(1) 水分子の振る舞いを，高精度のアルゴリズムを用いて，実行と解析，
(2) 電磁相対論領域のナノ領域で，電子/イオンの高速放出の過程，
(3) 地球尾部20-25 Reで起きる磁気リコネクションが慣性過程で起きることを，
　低周波粒子シミュレーション法で理論的に解明，

が３つの代表例になります。
　最初の2つは分子動力学法で陽解法(explicit) であり，最後の3番目方法は
陰解法(implicit) を用いています。1番目と2番目はCourant条件 dx/dt > 光速条件
のときに解けて，3番目は光速と無関係に解ける（精度は違うので注意する），です。

　水分子では，離れた分子間との４つの水素原子の相互作用は引力・斥力
で表し，酸素との分子間引力はTIP5P-Ewald法のLennard-Jonesポテンシャル
を使っています。数値計算コードはFortran-MPI言語に従って記述します。

　磁気嵐を起こす磁気リコネクションでは，大局的な空間スケールにおいて
地球磁気圏尾部で，電子と陽子の振る舞いの機構を調べています。コードは
インプリシット粒子コードを開発して使用しています。

　プログラム概要とその使い方は，README.mdとPDF文書に記載してあり，
Fortranプログラムの冒頭と必要な部分で具体的な方法を述べています。
TIP5P法での水と氷，電子/イオンの高速の放出，磁気リコネクション
での分子動力学シミュレーションの様子は，別のPDF文書で示しています。

　これらのコードは著者が開発した分子動力学シミュレーション法です。
その配布はGPL-3.0ライセンスに基づき，コードを一般に公開しています。

>>> https://github.com/Mtanaka77/.

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