Linux Debian OSを使うには
宇宙科学や地球物理,物理・化学,工学において物質の時間発展や
定量変動を予測するための道具として,計算機シミュレーションは大きな
力をもつ手法である。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータ
が用いられる。
それを実際に動かすために Unix OSが使われるが,普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSも使用される。有料のRedHat OSの無料版である
CentOSは2024年5月に期限が終わったため,攻撃を心配する人たちは,
Debian OSや Ubuntu OSに乗り換えた人は多いだろう。
AlmaLinuxは CentOS 7の後継として,その使用法は以前と同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストールに使われる。ただし,
下記の箇所ではバグがあると思われる(ベクトル・行列計算のScalapack
では CentOS 7で修復,pip3に関連したpairlistがコンパイル不能のこと)。
これらインストールに関して Debian-12 OSでは問題が起きなかった。
scalapack-2.2.0のコンパイル法は有効であり,https://github.com/Mtanaka77/
のAlmaLinux and Debian OSにおいて,インストールの方法を書いたので
参照してほしい(BLACS, SRCなどを順番に。キーワードを与えること)。
AlmaLinux-9とDebian-12を比較して,3次元水分子動力学の粒子シミュ
レーション,Ab initio分子動力学法 Siesta-4.1bを書こう (注:英語で)。
その結論は,定評のある Debian OSを使うことを推奨する。
English
AlmaLinux v.s. Debian OS's on Water MD and Siesta-4
Simulations of Molecular Dynamics in AlmaLinux and Debian
References
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code,
https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
TIP5P_code (May 2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. This PDF file, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_
Debian-12.pdf/.
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